TeXのファイルの種類（拡張子）
tex
本文データ。
log
処理中の実行画面のメッセージが書かれます。
TeXのバージョンや警告メッセージなどの情報が入っています。
入稿の際には必須のファイルです。
aux
補助ファイルです。相互参照の際のノンブル等の情報が入っています。
dvi
組版結果のファイルです。
画面表示する際にはこのファイルを開いています。
面付けやPDF作成時の元となるファイルです。
toc
目次用のデータです。
目次を作成する命令がないと作成しません。
ind
索引用のデータです。
索引語の情報ファイルからソートして作成します。
これはコンパイルのたびに毎回作成するものではなく、一度作成したら再度コマンドを打ち込まない限り作らないので、毎回上書きされる心配はありません。
cls（クラスファイル）
本の体裁に関する情報（版面サイズや使用フォント、ノンブルや柱の位置、行間や行取り、図表の基本レイアウトなど）をすべて定義しているファイルです。「クラスファイル」といいます。LaTeX2.09までの「スタイルファイル」です。
TeXはフリーソフトという性質上、クラスファイルに関しても自由に変更可能です。
従って著者が手を加えたクラスファイルを使用している場合、原稿作成時に使用された修正済みのクラスファイルがないと動作しません。
学術系学会や出版社などでオリジナルの専用クラスファイルを用意し、著者に配布が可能です。
実際に行っている学術系の学会も多々あります。
sty（マクロ）
TeXには標準で書籍用、論文用のクラスファイルが予め用意されていますが、これらは基本的なコマンド群しか組み込まれておらず、複雑なレイアウトの書籍を作る上で不便です。
それを補うためにマクロファイルと呼ばれるファイルが存在します。
これらはパッケージになっているものや、著者のオリジナルコマンドなど、便利な拡張機能やクラスファイルの部分修正などの情報が記述されています。
マクロファイルを使用している場合、クラスファイル同様、該当するマクロファイルが無いと動作しません。